VDJGermline是一款基于生物信息学的抗体序列VDJ分析工具。通过序列比对，能够在丰富的VDJ基因库中快速检索与目标抗体序列最匹配的同源序列，深入解析VDJ基因重排信息，特别适合动物免疫组库的序列分析。基因库涵盖人类、小鼠、恒河猴、驼等多个物种，还特别构建了“HUGO H3K3”全人源抗体小鼠基因库。输出每条序列的分析结果表、可视化比对图和多样化的统计分析图。

ImmuneBuilder包括ABodyBuilder2、NanoBodyBuilder2、TCRBuilder2，专门用于预测免疫蛋白的结构（如抗体、纳米抗体和T细胞受体），采用了AlphaFold-Multimer的结构模块，并进行了特定于免疫蛋白的修改，以提高预测准确性。ImmuneBuilder能够快速生成与实验数据相近的免疫蛋白结构，速度远超AlphaFold2，且无需大型序列数据库或多序列比对。该工具的特点包括高准确性、快速预测和开源可访问性，适用于大规模序列数据集的结构分析，特别是在下一代测序数据的免疫蛋白结构研究中。ImmuneBuilder还提供了误差估计，帮助过滤错误模型，增强了其在生物治疗和免疫学研究中的应用价值。图1是AbBuilder2的架构图，NanoBodyBuilder2与TCRBuilder2也采用一样的架构。