VDJGermline v3

1 简介

VDJGermline是一款基于生物信息学的抗体序列VDJ分析工具。通过序列比对，能够在丰富的VDJ基因库中快速检索与目标抗体序列最匹配的同源序列，深入解析VDJ基因重排信息，特别适合动物免疫组库的序列分析。基因库涵盖人类、小鼠、恒河猴、驼等多个物种，还特别构建了“HUGO H3K3”全人源抗体小鼠基因库。输出每条序列的分析结果表、可视化比对图和多样化的统计分析图。

2 参数说明

• Sequences：输入蛋白序列或DNA序列。
• Species：指定匹配的物种，可以选择以下之一：
  • Match: 匹配最相似的物种。注意，物种匹配不是100%准确，若已知物种，请选择已知物种。
  • Human：匹配人类VDJ基因（Homo sapiens）。
  • Mouse：匹配小鼠VDJ基因（Mus musculus）。
  • Alpaca (H)：匹配骆驼VDJ基因（Vicugna pacos）。
  • Rat：匹配大鼠VDJ基因（Rattus norvegicus）。
  • Rhesus Monkey：匹配恒河猴VDJ基因（Macaca mulatta）。
  • Rabbit：匹配兔子VDJ基因（Oryctolagus cuniculus）。
  • Rig：匹配猪VDJ基因（Sus scrofa）。
  • HUGO H3K3：匹配HUGO全人源抗体小鼠VDJ基因。
• Chain type: 指定识别的链类型，可以选择一下之一：
  • Match: 识别最匹配的链。
  • Heavy: 仅识别重链。
  • Light：仅识别轻链。
• Cgene Species：指定C基因匹配的物种，可以选择以下之一：
  • Human：匹配人类C基因（Homo sapiens）。
  • Mouse：匹配小鼠C基因（Mus musculus）。

3 结果说明

• Table： Germline 结果汇总表，支持csv格式下载，包含以下关键字段：

字段	说明
query_name	序列名称
sequence	输入的DNA序列
sequence_aa	输入的蛋白序列
locus	链类型（H,K,L）
organism	物种
v/d/j_call	序列最匹配的V/D/J基因名
sequence_alignment	与同源DNA序列对齐的DNA序列
germline_alignment	最匹配的同源DNA序列
sequence_alignment_aa	与同源蛋白序列对齐的蛋白序列
germline_alignment_aa	最匹配的同源蛋白序列
v/d/j_sequence_alignment	DNA序列的V/D/J基因序列
v/d/j_sequence_alignment_aa	蛋白序列的V/D/J基因序列
v/d/j_germline_alignment	同源DNA序列的V/D/J基因序列
v/d/j_germline_alignment_aa	同源蛋白序列的V/D/J基因序列
fwr1/2/3/4	DNA序列的fwr1/2/3/4区序列
fwr1/2/3/4_aa	蛋白序列的fwr1/2/3/4区序列
cdr1/2/3	DNA序列的cdr1/2/3区序列
cdr1/2/3_aa	蛋白序列的cdr1/2/3区序列
v/d/j_score	V/D/J的匹配分数
v/d/j_identity	V/D/J的匹配程度
numbering	蛋白序列的编号(IMGT规则)
cdr1/2/3_number	cdr1/2/3区的编号(IMGT规则)
mismatch_aa	与同源蛋白序列的错配数量
v/d/j_mismatch_aa	v/d/j区的错配数量
fwr1/2/3/4_mismatch_aa	fwr1/2/3/4区的错配数量
cdr1/2/3_mismatch_aa	cdr1/2/3区的错配数量

• Chart : 所有输入序列的统计分析结果，包含以下图：
  • V/D/J gene count histogram
  • VDJ gene combination analyses Sankey diagram
  • V-identity and SHM(aa) histogram

Figure 2. V/D/J gene count histogram.

Figure 2. VDJ gene combination analyses Sankey diagram.

Figure 3. V-identity and SHM(aa) histogram.

• Alignment：单条序列的详细信息，包含与同源序列的可视化比对图，支持pdf格式下载。

Figure 1. 单条序列与vdj基因对齐后的详细对齐信息和可视化

4 参考文献

[1] Jian Ye, Ning Ma, Thomas L. Madden, James M. Ostell, IgBLAST: an immunoglobulin variable domain sequence analysis tool, Nucleic Acids Research, Volume 41, Issue W1, 1 July 2013, Pages W34–W40. https://doi.org/10.1093/nar/gkt382