工作流程

全部流程

排序方式

AbMart热门靶点查询与抗体设计

NEW

在AbSeek内部数据库中快速获取靶点结构并启动抗体设计流程

应用场景

针对热门靶点开发全新的抗体。

任务目的

解决靶点发现到抗体设计流程割裂的问题，实现靶点背景信息获取-靶点结构-抗体设计一体化，缩短早期研发耗时。

工作流程

查询靶点结构

工具：

全球热门靶点信息库（AbMart）

输入：

搜索靶点名称/疾病关键词。

输出：

通过"AbSeek-靶点结构和抗体开发-抗体设计"得到由我们团队准备好的靶点结构。

说明：

在AbSeek自有数据库中检索经整理的热门靶点结构，可直接观察该结构的特点，节省搜索靶点结构的时间。用户也可以在AbMart中获取靶点相关的研发管线信息、基因信息和突变位点信息等。

设计新抗体

工具：

抗体设计

输入：

上一步自动填充的靶点PDB + 用户提供模板抗体 + 手动选择热点残基。

输出：

多个全新设计的抗体-抗原复合物结构及序列。

说明：

一站式衔接靶点结构获取与抗体生成，减少文件下载与上传步骤。

抗体内部残基互作分析

NEW

基于抗体序列预测三维结构，进而分析内部残基间相互作用类型与距离

应用场景

研究抗体结构稳定性、重轻链配对机制、指导突变设计。

任务目的

解决仅有序列时无法判断残基空间关系的问题，快速识别影响折叠、稳定性和亲和力的关键相互作用位点。

工作流程

预测抗体结构

工具：

抗体结构预测纳米抗体结构预测

输入：

重链和轻链可变区氨基酸序列（常规抗体）或重链序列（纳米抗体）。

输出：

预测的PDB结构文件。

说明：

使用基于AlphaFold-Multimer优化的ImmuneBuilder模型，快速生成高精度抗体三维构象，支持常规抗体与纳米抗体。

残基互作计算

工具：

蛋白残基互作计算

输入：

上一步生成的PDB文件 + 目标链（如H/L链）+ 互作类型（可选）。

输出：

残基互作对表格（含链、残基编号、距离、互作类型）。

说明：

自动识别链内/链间各类相互作用（疏水、氢键、芳香、二硫键等），支持交互式筛选（例如只看H-L链间作用）。

RCSB靶点查询与de novo抗体设计

NEW

从已知抗原-抗体复合物结构出发，定位功能表位并设计全新结合抗体

应用场景

针对已知靶点开发全新治疗性抗体，绕过专利序列。

任务目的

从公开结构出发，无需已有抗体序列即可从头设计高亲和力、全新CDR序列的治疗性抗体。

工作流程

查询靶点结构

工具：

RCSB PDB数据库

输入：

靶点关键词（如“PD-L1 PD-1”）。

输出：

抗原-抗体复合物PDB文件（如3BIK）。

说明：

从公共结构数据库下载目标抗原与天然抗体/受体的复合结构。

识别功能表位

工具：

蛋白残基互作计算

输入：

复合物PDB文件 + 抗原链与受体链（如A链与B链）。

输出：

抗原上参与结合的热点残基列表（如A18, A54, A115等）。

说明：

通过分析抗原-受体界面互作，提取抗原侧的功能表位残基作为后续设计靶点。

设计新抗体

工具：

抗体设计

输入：

靶点PDB + 模板抗体PDB（可以是SAbDab数据寻找任意一个人源抗体，如9HXO） + 热点残基 + CDR设计参数。

输出：

多个全新设计的抗体-抗原复合物结构及序列。

说明：

基于RFdiffusion+RoseTTAFold2+ProteinMPNN技术链，针对指定表位从头生成高亲和力抗体CDR环。