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本研究基于IMPACT2临床试验数据，系统分析了DNA与RNA测序的一致性，发现TP53基因组变异与VEGFA过表达显著相关，且高肿瘤转录负荷（≥6个基因）与更短总生存期相关，提示RNA测序在精准肿瘤学中的潜在临床应用价值。
文献概述
本文《Concordance analysis of DNA and RNA profiling: The MD Anderson IMPACT2 study in precision oncology》，发表于《Signal Transduction and Targeted Therapy》杂志，回顾并总结了在IMPACT2前瞻性精准肿瘤学研究中，对晚期癌症患者进行DNA与RNA多组学联合分析的结果。研究评估了DNA基因组变异与RNA表达改变之间的协调性，探索了肿瘤转录负荷（TTB）与总生存期（OS）的关系，并分析了PD-L1状态对表达异常基因数量的影响。结果表明，RNA测序可提供独立于DNA变异的生物学信息，且高TTB与不良预后显著相关。该研究强调了RNA测序在肿瘤分子分型和预后预测中的潜在价值，为多组学指导治疗策略提供了临床证据。背景知识
在精准肿瘤学领域，DNA测序已成为识别驱动突变、指导靶向治疗的标准手段，已有百余种基于DNA变异的靶向药物获得FDA批准。然而，仅依靠DNA变异无法完全反映基因功能状态，因转录调控、表观遗传修饰及转录后调控等因素可能导致DNA变异不引起相应的RNA表达变化。RNA测序可捕获基因表达水平、可变剪接、融合转录本及肿瘤微环境信息，提供动态的肿瘤生物学图景。尽管RNA检测在研究中广泛应用，如Oncotype DX在乳腺癌中的应用，但其在临床治疗决策中的作用仍属探索性，缺乏大规模前瞻性数据支持。此外，肿瘤转录负荷（Tumor Transcriptional Burden, TTB）——即异常表达基因的数量——作为潜在预后标志物尚未在多癌种前瞻性试验中系统评估。本研究基于IMPACT2试验，首次在多癌种背景下系统分析DNA与RNA数据的一致性及其对生存的影响，填补了多组学整合在真实世界临床队列中的证据空白，为RNA测序的临床转化提供了重要依据。
研究方法与实验
本研究纳入IMPACT2试验中接受Tempus xT检测的438例晚期癌症患者，其中253例同时完成DNA和RNA测序。DNA测序覆盖472个癌症相关基因，检测单核苷酸变异、拷贝数变异、融合和剪接变异；RNA测序基于全转录组测序，评估基因表达异常（过表达或低表达）。研究定义“一致事件”为同一基因在DNA和RNA层面均发生变异。采用Fisher精确检验评估DNA与RNA变异之间的关联，Benjamini-Hochberg方法校正多组比较。通路富集分析使用Reactome数据库。总生存期（OS）通过Kaplan-Meier法分析，按TTB分组（0–2、3–5、≥6个基因异常表达）进行log-rank检验。PD-L1状态与TTB的关系采用Mann-Whitney U检验。关键结论与观点
研究意义与展望
该研究首次在多癌种前瞻性队列中系统评估了DNA与RNA测序的一致性及其临床意义，证实RNA测序可提供独立于DNA变异的生物学信息，尤其在拷贝数变异与表达水平之间表现出高度协调性。TP53-VEGFA的强关联为抗血管生成治疗的生物标志物开发提供了理论依据，支持在TP53突变患者中优先考虑贝伐珠单抗治疗。
肿瘤转录负荷（TTB）作为一个新型预后标志物，显示出对生存的独立预测价值，尤其是在高TTB（≥6基因）患者中生存显著缩短。这一发现提示全局性转录失调可能代表更侵袭性的肿瘤表型，值得在更大队列中验证。此外，TTB与PD-L1状态的潜在关联提示其可能用于识别免疫“冷”肿瘤，为联合治疗策略提供线索。
尽管RNA检测尚未被FDA批准用于治疗选择，但本研究支持其在精准肿瘤学中的补充作用，尤其在缺乏可靶向DNA变异的患者中。未来研究应将RNA测序整合至前瞻性治疗决策流程中，验证其在匹配治疗和改善预后中的价值。结合AI与机器学习，多组学数据有望进一步优化个体化治疗策略。
结语
本研究基于IMPACT2临床试验数据，系统分析了DNA与RNA多组学数据在晚期癌症患者中的协调性与临床意义。研究发现，约20%的患者存在DNA与RNA层面的一致变异，其中拷贝数变异与表达水平高度相关，且TP53变异与VEGFA过表达显著关联，提示潜在治疗靶点。更重要的是，肿瘤转录负荷（TTB）被识别为一个独立预后因子：携带≥6个异常表达基因的患者中位总生存期仅为6.7个月，显著低于低TTB患者。该结果强调了RNA测序在揭示肿瘤生物学复杂性方面的独特价值，不仅补充DNA测序信息，还可提供预后分层工具。尽管PD-L1阴性趋势与高TTB相关，尚需更大样本验证。总体而言，本研究为RNA测序在精准肿瘤学中的临床应用提供了有力证据，支持其作为多组学整合策略的一部分，用于优化治疗决策与风险分层。未来需开展前瞻性试验，评估RNA指导治疗的实际临床获益。
