CDR Annotation是抗体编号和注释模块，用于对抗体序列的可变区（Fv）进行编号，精确标注出其框架区（Framework Region, FWR）和互补决定区（Complementarity Determining Region, CDR）的具体位置， 支持IMGT、Kabat、Chothia、Martin、AHo、Wolfguy抗体编号方案。若一次输入多序列，还能通过查看序列可视化图和氨基酸频率图来分析序列的差异和保守性。

Multiple Sequence Alignment 用于多条 DNA 和蛋白质序列的比对，并可视化序列比对结果，有助于序列聚类、分析序列间多样性、识别保守和突变区域。包含 ClustalW 和 MUSCLE 自动比对工具, 其中 MUSCLE 包含NJ，UPGMA， UPGMB聚类方法。

Phylogenetic Tree 输入比对后的抗体序列，绘制序列之间系统发育进化树图，有助于分析序列间进化关系，揭示抗体的起源和演化过程。系统发育推理方法包含NJ，UPGMA， ME，ML，MP。

该模块可以根据抗体的V区序列确定抗体属于人类的概率。

单克隆抗体治疗通常来源于非人类（通常是小鼠），因此可能在人体内引发免疫反应。抗体人源化旨在改造抗体可变区序列，以获得不引起免疫反应的抗体。我们利用OAS数据库中近10亿个抗体序列，建立了抗体人源化评估模型，能够区分人类和非人类抗体的可变区序列。模型输出的分数与现有FDA抗体治疗的实验性免疫原性（ADA）呈负相关。参考，我们结合该模型与集束搜索算法，开发了一种抗体序列人源化改造工具。该工具旨在通过最少的突变，在尽可能保持亲和力等关键特性的同时，最大程度地提高抗体的人源化水平，从而降低其免疫原性。