Similarity AbScan

1 简介

Similarity AbScan 是一个专门用于抗体序列专利文献相似性检索的工具，拥有一个全面的来自权威网站的数据库，分为Antibody和Nanobody两个子数据库。

Nanobody子数据库包含近5,000条来自专利和学术论文的VHH、VNAR 和单域抗体序列。Antibody子数据库包含67万多条重轻链抗体序列，以及17万对通过专利和学术论文配对的抗体序列。用户可以通过输入序列来检索相似的抗体序列或结构，也可以通过关键字检索相关的抗体。

配对抗体序列中，包含：

• Patented Antibodies(patent in heavy definition) 134,183，占比75.3%。
• Crystal Structures(Xtal structure) 12,778，占比7.1%。
• Therapeutic Antibodies(TheraSAbDab) 1,198，占比0.6%。
• Scientific Literature(Other) 28,735，占比16.9%。

Figure 1. 配对抗体序列不同来源分布图

Figure 2. 配对抗体序列不同物种分布图

2 参数说明

• Similar AbScan DB Name：可选Antibody子数据库或Nanobody子数据库。
• 结构搜索：
  • Fv Heavy sequence: 抗体重链Fv区序列。
  • Fv Light sequence: 抗体轻链链Fv区序列。
  • RMSD cutoff (Å): 结构 RMSD 阈值 (Å)。
• 序列搜索：
  • Fv Heavy sequence: 抗体重链Fv区序列。
  • Fv Light sequence: 抗体轻链链Fv区序列。
  • Average Identity: 重轻链序列平均相似性阈值（%）。
  • Heavy Identity Cutoff (%): 重链序列相似性阈值（%）。
  • Light Identity Cutoff (%): 轻链序列相似性阈值（%）。
  • Regions: 检索的抗体区间，可选 whole, cdrs, cdr3。
• 关键词搜索：
  • Keyword: 使用正则表达式搜索原始文献标题中包含的关键词, 例如“RSV|Respiratory Syncytial Virus”，“PDL1”。
  • Pair: 抗体对搜索或重链/轻链搜索。
• Max Sequences Return: 返回最大的序列数量。

3 结果说明

Table： 检索结果表，支持下载，包含以下关键字段：

字段	说明
ID	GeneBank LOCUS
sequence	Fv of GeneBank Sequence
organism	GeneBank Organism
definition	GeneBank DEFINITION
reference_authors	GeneBank REFERENCE AUTHORS
reference_title	GeneBank REFERENCE TITLE
update_date	GeneBank Update date
cdr_lengths	CDR Sequence Lengths
pairing	Pairing Method
targets_mentioned	Targets
url	Pairing Basis Link
chain	Chain Type
division	GeneBank Division, such as PAT
GeneBank_accession-version	GeneBank ACCESSION VERSION
other-seqids	other sequence ids
model	GeneBank LOCUS Of Structure
identity	Sequence identity with the query sequence
rmsd	Structure RMSD with the query sequence
cdr1/2/3	cdr1/2/3 Sequence
cdr1/2/3 mismatch	cdr1/2/3 mismatch with the query sequence
cdrs mismatch	cdrs mismatch with the query sequence
total_mismatch	total mismatch with the query sequence

备注：

• Antibody子数据库的结构搜索仅支持抗体对搜索，必须输入抗体对，返回也仅包含抗体对（Pair）的结果表。
• Antibody子数据库的序列搜索支持抗体对、重链和轻链搜索，返回包含抗体对（Pair）、重链（H）和轻链(L)的结果表。
• Antibody子数据库的关键字搜索支持抗体对、重链和轻链搜索，返回抗体对（Pair）或重链（H）、轻链(L)的结果表。

4 参考文献

[1] Abanades B, Olsen TH, Raybould MIJ, et al. The Patent and Literature Antibody Database (PLAbDab): an evolving reference set of functionally diverse, literature-annotated antibody sequences and structures. Nucleic Acids Res. 2024;52(D1):D545-D551. https://doi.org/10.1093/nar/gkad1056