Protein Interaction Calculator

1 简介

Protein Interaction Calculator 专门用于分析蛋白质结构中残基之间的相互作用，通过计算特定功能残基之间的距离，能够识别和分类不同类型的相互作用，有助于深入理解蛋白质的功能和稳定性。这些相互作用包括但不限于疏水相互作用、氢键、离子相互作用、芳香族相互作用以及二硫化物桥等。

2 参数说明

• PDB File：输入蛋白结构文件。
• intra_chains：指定计算哪些链的相互作用，如['H','L']。
• Interactions：指定计算哪些相互作用，包括以下选项：
  • Hydrophobic Interactions：疏水相互作用有助于稳定蛋白质的三维结构，通常发生在非极性氨基酸之间。
  • Disulphide Interactions：二硫化物桥是一种强的共价键，有助于维持蛋白质的稳定性，通常在含有半胱氨酸的残基之间形成。
  • Cation-Pi Interactions：阳离子与芳香环之间的相互作用有助于增强蛋白质的结构稳定性，通常发生在带正电的氨基酸（如赖氨酸）与芳香族残基之间。
  • Ionic Interactions：两个带电残基之间的相互作用有助于蛋白质的折叠和稳定，通常发生在正负电荷的氨基酸（如天冬氨酸和赖氨酸）之间。
  • Aromatic-Aromatic Interactions：两个芳香族残基之间的相互作用，通常通过π-π堆积相互作用增强蛋白质的稳定性。
  • Aromatic-Sulphur Interactions：芳香族残基与含硫残基（如半胱氨酸）之间的相互作用，可以通过硫原子的电子云与芳香环的π电子云之间的相互作用来增强蛋白质的稳定性
  • Hydrogen Bonds (MainChain - MainChain)：主链之间的氢键在蛋白质的二级结构（如α螺旋和β折叠）中起着重要作用。
  • Hydrogen Bonds (MainChain - SideChain)：主链与侧链之间的氢键有助于蛋白质的整体结构和功能。
  • Hydrogen Bonds (SideChain - SideChain)：侧链之间的氢键可以影响蛋白质的折叠和稳定性。

3 结果说明

• Table： 结果汇总表，支持csv格式下载，包含以下关键字段：

字段	说明
Chain1	第一个残基的所在链
RES1	第一个残基的名称
idRES1	第一个残基的id
Chain2	第二个残基的所在链
RES2	第二个残基的名称
idRES2	第二个残基的id
dist(Angstrom)	两个残基之间的距离，单位为埃（Angstrom）
Interactions	两个残基的相互作用信息

4 参考文献

[1] protinter