RFDiffusion

1 简介

RFdiffusion 是一种开源的结构生成方法，无论是否包含条件信息（一个基序、目标等）。类似于根据用户指定的输入生成图像的网络，RFdiffusion 能够根据简单的分子规范设计出多样的、复杂的、功能性的蛋白质。

可以做的事情

• 基序骨架构建
• 无条件蛋白质生成
• 对称无条件生成
• 对称基序骨架构建
• 结合剂设计
• 设计多样化（“部分扩散”，围绕设计的采样）

图1. RFDiffusion流程概要图

2 参数

通用

名称	解释
task type	任务类型
input pdb	三维结构的 PDB 文件
target patch	通过 PDb 链和位置指定目标对象。例如 A1-150
num designs	设计的数量

基序骨架构建

名称	解释
pre length	在目标对象之前生成的氨基酸长度。例如 10-40
post length	在目标对象之后生成的氨基酸长度。例如 60-60

结合剂设计

名称	解释
hotspot res	PDB 中的热点残基。例如 [A59,A83,A91]
output length	生成的氨基酸长度。例如 70-100

3 结果解释

.pdb 文件。这是模型的最终预测输出。请注意，每个设计的残基都输出为甘氨酸（因为我们只设计了主链），没有输出侧链。这是因为，尽管 RFdiffusion 在输入基序中对侧链进行了条件限制，但对这些预测没有应用损失，因此不能完全信任它们。

4 参考文献

[1] Watson, J.L., Juergens, D., Bennett, N.R. et al. De novo design of protein structure and function with RFdiffusion. Nature 620, 1089–1100 (2023). https://doi.org/10.1038/s41586-023-06415-8.
[2] Watson JL, et al. Broadly applicable and accurate protein design by integrating structure prediction networks and diffusion generative models. bioRxiv 2022.12.09.519842. https://doi.org/10.1101/2022.12.09.519842.