ImmunoSeq

1 简介

ImmunoSeq¹ 是一款基于免疫耐受生物学原理构建、具备良好可解释性与实用性的抗体免疫原性预测工具，专用于评估抗体序列的免疫原性风险。该工具依托 Observed Antibody Space² （OAS）数据库中人源与鼠源配对抗体序列及人源蛋白序列，构建 k-mer（k=8–12） 肽段文库；其中以人源肽库作为阳性基准文库，鼠源肽库作为阴性对照文库。模型通过累加阳性匹配得分（+1.0）与阴性匹配惩罚分（-0.2），再除以总肽段数量，计算得到免疫原性命中率（Hit Rate）。命中率越高，预示抗体诱导 ADA 产生的风险越低；同时该工具支持残基级分辨率解析，可精确定位抗体序列中的免疫原性热点区域。

Figure 1. ImmunoSeq的技术框架图

Figure 2. Hit Rate与治疗性抗体ADA%的相关性图

Figure 3. 不同来源治疗性抗体的Hit Rate分布图

2 参数说明

• Heavy Chain Sequence：抗体重链Fv蛋白序列。
• Light Chain Sequence：抗体轻链Fv蛋白序列。

3 结果说明

• Hit Rate: 免疫原性命中率，数值越高预示着ADA风险越低。
• 输入抗体 Hit Rate 在不同来源治疗性抗体中的定位图：
  

Figure 4. 输入抗体 Hit Rate 在不同来源治疗性抗体中的定位图

• 输入抗体的免疫原性热点区域图：

Figure 5. 输入抗体的免疫原性热点区域图

4 参考文献

[1]Huang Q J, He Y, Liu K. Antibody immunogenicity prediction and optimization with ImmunoSeq[J]. bioRxiv, 2025. https://doi.org/10.1101/2025.08.14.670305
[2] Kovaltsuk, A. et al. Observed Antibody Space: A Resource for Data Mining Next-Generation Sequencing of Antibody Repertoires. The Journal of Immunology 201, 2502–2509. https://doi.org/10.4049/jimmunol.1800708