人源化评估
1 简介
该模块可以根据抗体的V区序列确定抗体属于人类的概率。
该模型基于来自Observed Antibody Space database(OAS)数据库1,2的 1.4 亿条抗体 V 区序列进行训练，并且在预测抗体物种是否属于人类上具有 99% 的准确性。在FDA公布的ADA数据中，该模型能够显著识别全人类抗体，预测得分与ADA呈负相关，进一步证明了该模型的可靠性。
2 模型表现
图1. 模型在测试集上的混淆矩阵图
图2. 模型在测试集上的可靠性曲线图
图3. 模型预测的人源评分与FDA公布的临床ADA呈负相关
图4. 该工具能准确预测抗 PD-L1 抗体的人源化程度。其中，C57BL/6是指由野生型小鼠产生的抗体，而HUGO-Ab是指由HUGOTM全人抗体小鼠产生的抗体
3 参数说明
- Fv 序列： 抗体 Fv 区的氨基酸序列，FASTA 格式。如果输入序列包含 V 区域之外的部分，该工具将自动识别和提取 V 区域。
4 结果说明
数值Score取值范围为[0,1]，越接近1是人类抗体的概率越高
5 参考文献
[1] Olsen TH, Boyles F, Deane CM. Observed Antibody Space: A diverse database of cleaned, annotated, and translated unpaired and paired antibody sequences. Protein Sci. 2022 Jan;31(1):141-146. doi: 10.1002/pro.4205. Epub 2021 Oct 29. PMID: 34655133; PMCID: PMC8740823. https://doi.org/10.1002/pro.4205
[2] Aleksandr Kovaltsuk, Jinwoo Leem, Sebastian Kelm, James Snowden, Charlotte M. Deane, Konrad Krawczyk; Observed Antibody Space: A Resource for Data Mining Next-Generation Sequencing of Antibody Repertoires. J Immunol 15 October 2018; 201 (8): 2502–2509. https://doi.org/10.4049/jimmunol.1800708