AbAtlas

1 简介

AbAtlas 是一个用于抗体序列降维和可视化的工具，能够将抗体序列映射到二维和三维图形中。该工具利用了 Observed Antibody Space¹（OAS）数据库的数据，涵盖了六种主要物种（人类、小鼠、大鼠、恒河猴、骆驼和兔子）的重链和轻链，以及它们的 germline 基因。通过结合 AntiBERTy² 和 UMAP³，AbAtlas 能够生成高质量的序列嵌入，并有效地进行降维处理。只需输入抗体序列，AbAtlas 将自动分析该序列，并通过可视化图形直观地展示其与不同物种或不同 V 基因家族的抗体链之间的相似性，从而快速识别输入序列的特征。

2 参数说明

• Sequences：输入抗体重链或轻链的Fv区的氨基酸序列或碱基序列。
• Species：选择特定的一个物种，或选择Match，工具将自动匹配物种。
• Cgene Species：选择C基因的物种，目前仅支持小鼠、人类和大鼠。
• Components: 3D或2D。
• Annotation: 可选择人类V基因家族（Human V gene family） 或 不同物种（Species）作为标注依据。
• Control Samples：对照样本数量，数值范围 10,000 到 100,000。将从OAS数据的各个物种链中采样该数量的样本作为对照。

3 结果说明

• chart, 2D或3D图, 红色菱形（input）的点为输入的序列，圆形的点为对照样本。

Figure 1. 2D Chart of AbAtlas on 20,000 control samples.

Figure 2. 3D Chart of AbAtlas on 20,000 control samples.

4 参考文献

[1] Olsen T H, Boyles F, Deane C M. Observed Antibody Space: A diverse database of cleaned, annotated, and translated unpaired and paired antibody sequences[J]. Protein Science, 2022, 31(1): 141-146. https://doi.org/10.1002/pro.4205
[2] Ruffolo J A, Gray J J, Sulam J. Deciphering antibody affinity maturation with language models and weakly supervised learning[J]. arXiv preprint arXiv:2112.07782, 2021. https://doi.org/10.48550/arXiv.2112.07782
[3] McInnes L, Healy J, Melville J. Umap: Uniform manifold approximation and projection for dimension reduction[J]. arXiv preprint arXiv:1802.03426, 2018. https://doi.org/10.48550/arXiv.1802.03426