DG Prediction

1 简介

使用目前最大的蛋白质-蛋白质结合亲和力数据库PPB-Affinity作为训练数据，通过蛋白质复合物的三维表征，使用基于几何深度学习技术的不变点表示法预测蛋白质复合物结合亲和力（ΔG）的大小。

2 参数说明

• PDB File(必需项)：上传一个蛋白复合体的PDB文件
• Receptor Chain(必需项)：指定PDB文件中，属于受体的链编号
• Ligand Chain(必需项)：指定PDB文件中，属于配体的链编号
• Mutation List(非必需项)：输入突变字符串，例如，“FP2Y”表示链P上的位置2从F突变为Y。若同时存在多个突变，用逗号分开,仅支持一种变体输入

3 结果说明

4 参考文献

[1] Liu, H., Chen, P., Zhai, X. et al. PPB-Affinity: Protein-Protein Binding Affinity dataset for AI-based protein drug discovery. Sci Data 11, 1316 (2024). https://doi.org/10.1038/s41597-024-03997-4.